Su obra forma parte de importantes colecciones públicas y privadas de México y el extranjero, entre ellas: la del Museo de Arte Moderno y la del Museo de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, en la Ciudad de México, la del Museo de Arte Contemporáneo de Monterrey, la del Museo del Barro, en Caracas, la del Santa Barbara Museum of Art, en California, la del Museum of Fine Arts, en Boston, la del Boca Raton Museum of Art y la del Latin American Museum, en Florida, la Colección Blake-Purnell, en Nueva York, la Colección Costantini del Museo de Arte Latinoamericano de Buenos Aires, la Colección Ersel, en Turín, y la Colección de Arte del Príncipe de Mónaco.
Asimismo, ha realizado proyectos y muestras en espacios públicos, tales como la Plaza Lange Voorhout, en La Haya (2010), la Piazza del Duomo, Chiesa e Chiostro di Sant’Agostino, en Pietrasanta (2008), la Casa de América, en Madrid (2007), el Convento de San Francisco de Asís, en La Habana (2006), la Plaza Juárez y el Ex Templo de Corpus Christi, en la Ciudad de México (2005), la Iglesia de Santa Catarina, en Lituania (2003), el Espace Bellevue, en Biarritz (2001), y la Casa de América en Madrid, en cuya fachada principal creó la pieza monumental Chalchihuites (2008).
Ha sido invitado a destacados eventos internacionales, como la Exhibition for the World Art Treasures, exposición de apertura del China Art Museum, Shanghai (2012); además, su obra ha sido exhibida en dos ocasiones durante la Bienal de Venecia: en Larga Ascensione al ingreso de la Piazza de San Marco, en la edición 49 (2001), y en la Sala Santo Tommaso, Campo dei Santi Giovanni e Paolo, en la edición 50 (2003).
Javier Marín ha recibido diversos premios y distinciones, entre los que destacan el Primer Premio en la Tercera Bienal Internacional de Beijing (2008) y la realización por concurso del retablo mayor y el presbiterio de la Catedral Basílica de Zacatecas (2010). En reconocimiento a su exposición itinerante De 3 en 3, la cual recorrió siete ciudades europeas (Pietrasanta, Milán, La Haya, Bruselas, La Baule-Escoublac, Luxemburgo y Roma), la Reina de Holanda le otorgó el título de Caballero de la Orden de Orange-Nassau (2009).